1939年国民党召开了南岳军事会议和整训，正面战场先后进行了南昌会战、随枣会战、第一次长沙会战、桂南会战、39年冬季攻势。
第1军：军长陶峙岳（中央军嫡系）
第2军：军长李延年（中央军嫡系）
第3军：军长曾万钟（中央军半嫡系）
第4军：军长欧震（中央军半嫡系）
第5军：军长霍揆章（中央军嫡系），1939年6月该军番号撤销
第5军：军长俞济时、杜聿明（中央军嫡系），该军由新编第11军改称
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第6军：军长甘丽初（中央军嫡系）
第7军：军长张淦（桂系）
第8军：军长李玉堂（中央军嫡系）
第9军：军长郭寄峤（中央军嫡系）
第10军：军长徐源泉、梁华盛（中央军嫡系）
第11军：军长马鸿逵（西北马家军）
第12军：军长孙桐萱（韩复榘部西北军）
第13军：军长张轸、张雪中（中央军嫡系）
第14军：军长陈铁（中央军嫡系）
第15军：军长刘茂恩、武庭麟（镇嵩军、中央军旁系）
第16军：军长董钊（中央军嫡系）
第17军：军长高桂滋（中央军半嫡系）
第18军：军长黄维、彭善（中央军嫡系）
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第19军：军长王靖国、孟宪吉（晋系）
第20军：军长杨森、杨汉域（川军）
第21军：军长唐式遵、陈万仞（川军）
第22军：军长高双成（陕军、中央军旁系）
第24军：军长刘文辉（川军）
第25军：军长王敬久、张文清、詹忠言（中央军嫡系）
第26军：军长萧之楚（中央军半嫡系）
第27军：军长范汉杰（中央军嫡系）
第28军：军长陶广（湘军、中央军半嫡系）
第29军：军长陈安宝、刘雨卿（中央军半嫡系）
第30军：军长田镇南、池峰城（西北军）
第31军：军长韦云淞（桂系）
第32军：军长商震、宋肯堂（晋系、中央军半嫡系）
第33军：军长孙楚、郭宗汾（晋系）
第34军：军长杨澄源、彭毓斌（晋系）
第35军：军长傅作义（绥系）
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第36军：军长姚纯（中央军嫡系）
第37军：军长黄国梁、关麟征、陈沛（中央军嫡系）
第38军：军长赵寿山（陕军）
第39军：军长刘和鼎（中央军半嫡系）
第40军：军长庞炳勋（西北军）
第41军：军长孙震（川军）
第42军：军长杨德亮，1939年组建的胡宗南部队（中央军嫡系）
第43军：军长沈克，该军1939年1月并入第40军，沈克任副军长
第44军：军长廖震（川军）
第45军：军长陈鼎勋（川军）
第46军：军长夏威，1939年11月组建的桂系部队（桂系）
第47军：军长李家钰（川军）
第48军：军长张义纯、区寿年（桂系）
第49军：军长刘多荃（东北军）
第50军：军长郭勋祺（川军）
第51军：军长于学忠、牟中珩（东北军）
第52军：军长张耀明（中央军嫡系）
第53军：军长周福成（东北军）
第54军：军长霍揆章、陈烈（中央军嫡系）
第55军：军长曹福林（韩复榘部西北军）
第56军：军长郭昌明（川军）
第57军：军长缪征流（东北军）
第58军：军长孙渡（滇军）
第59军：军长张自忠（西北军）
第60军：军长卢汉、安恩溥（滇军）
第61军：军长陈长捷、吕瑞英（晋系）
第62军：军长张达、黄涛（粤军、中央军半嫡系）
第63军：军长张瑞贵（粤军、中央军半嫡系）
第64军：军长邓龙光（粤军、中央军半嫡系）
第65军：军长李振球、缪培南、黄国梁（粤军、中央军半嫡系）
第66军：军长叶肇、谭邃、陈骥（粤军、中央军半嫡系）
第67军：军长许绍宗（川军）
第68军：军长刘汝明（西北军）
第69军：军长石友三（石友三部西北军）
第70军：军长李觉（湘军、中央军半嫡系）
第71军：军长宋希濂（中央军嫡系）
第72军：军长王陵基（川军）
第73军：军长彭位仁（中央军嫡系）
第74军：军长俞济时、王耀武（中央军嫡系）
第75军：军长周碞（中央军嫡系）
第76军：军长李铁军（中央军嫡系）
第77军：军长冯治安（西北军）
第78军：军长张再、夏首勋（川军）
第79军：军长夏楚中（中央军嫡系）
第80军：军长孔令恂（中央军嫡系）
第81军：军长马鸿宾（西北马家军）
第82军：军长马步芳（西北马家军）
第83军：军长杜春沂，原粤军番号撤销，晋系新组建部队（晋系）
第84军：军长覃连芳、莫树杰（桂系）
第85军：军长王仲廉（中央军嫡系）
第86军：军长俞济时、冯圣法（中央军嫡系）
第87军：军长刘膺古、周初祥（中央军嫡系）
第88军：军长范绍增（川军）
第89军：军长韩德勤、李守维（中央军嫡系）
第90军：军长李文（中央军嫡系）
第91军：军长郝子举、宣铁吾（中央军嫡系）
第92军：军长李仙洲（中央军嫡系）
第93军：军长刘勘（中央军嫡系）
第94军：军长郭忏（中央军嫡系）
第95军：军长黄隐（川军）
第96军：军长李兴中（中央军旁系）
第97军：军长朱怀冰（中央军嫡系）
第98军：军长冯钦哉、武士敏（陕军、中央军半嫡系）
第99军：军长傅仲芳（中央军嫡系）
第100军：军长陈琪（中央军嫡系）
新编第1军：军长邓宝珊（中央军旁系）
新编第3军：军长张冲（滇军）
新编第4军：军长叶挺
新编第5军：军长孙殿英（中央军旁系）
新编第6军：军长薛岳（中央军嫡系）
新编第11军：军长徐庭瑶、杜聿明，该军1939年2月改番号为第5军（中央军嫡系）
暂编第1军：军长傅存怀，晋系新组建部队（晋系）
暂编第2军：军长邹洪粤军新组建部队（粤军、中央军半嫡系）
骑兵第1军：军长赵承绶、白儒青（晋系）
骑兵第2军：军长何柱国（东北军）
骑兵第5军：军长马步青（西北马家军）
骑兵第6军：军长门炳岳（中央军嫡系）
东北挺进军：军长马占山（东北军）
山东游击司令：司令沈鸿烈
鲁苏皖地区游击总指挥部：总指挥李明扬
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